W czasie II wojny światowej, została powołana do życia najbardziej tajemnicza organizacja polskiego wywiadu o nazwie Muszkieterzy. Jej inicjatorem był równie tajemniczy co nieznany prawie nikomu inżynier Stanisław Witkowski.

W czasie kampanii wrześniowej miał służyć w SGO „Polesie” (według niego samego), gdzie dowodził oddziałem potocznie zwanym muszkieterami (od uzbrojenia), stąd późniejsza nazwa organizacji. Organizacja Muszkieterzy przez początkowy okres istnienia nie podlegała nikomu, zarządzana i utworzona przez zupełnie prywatną osobę, jaką był Witkowski. Posiadała bardzo dobrze rozbudowaną siatkę szpiegowską na terenie okupowanej Polski, w skład której wchodzili zarówno przedstawiciele środowisk technicznych jak i żołnierze przedwojennego Oddziału II WP. Działanie Muszkieterów było bardzo skuteczne i cenne. Korzystał z niego zarówno Władysław Sikorski jak i wywiad angielski, który systematycznie dopytywał o wyniki pracy organizacji. Kontakt z Witkowskim i jego ludźmi nawiązał także marszałek Rydz-Śmigły. Nawiązano wtedy kontakty z wywiadem niemieckim.

Wspólnie zaczęto inwigilować Armię Czerwoną przed napaścią III Rzeszy na ZSRR. Ponoć Rydz-Śmigły rozważał utworzenie u boku Wehrmachtu wojska polskiego oraz wspólny pochód na Wschód i powołanie rządu kolaboracyjnego. Po śmierci Śmigłego scalono Muszkieterów z ZWZ. Na początku 1942 roku generałowi Andersowi agenci organizacji Witkowskiego przekazali informacje o przygotowaniach zamachu na Sikorskiego oraz mikrofilmy które miały zszokować generała. Co najważniejsze, przywieźli mu także rozkaz pochodzący niby jeszcze od marszałka Rydza-Śmigłego, nakazujący skierowanie jego wojsk na front niemiecko-sowiecki i uderzenie na tyły Armii Czerwonej (!) Generał Anders nie miał zamiaru wypełniać rozkazów marszałka, a agentów Witkowskiego nakazał aresztować. W sierpniu 1942 roku Stanisław Witkowski został oskarżony o niesubordynację i współpracę z Abwehrą i Gestapo.

Wydano na niego wyrok śmierci, który wykonano 18 września. Muszkieterów jako organizację rozwiązano. Większość z nich przeszła do AK. Nikt nie wie, skąd tak naprawdę wziął się Stanisław Witkowski, czy miał jakiegoś konkretnego mocodawcę i jaka była prawdziwa rola jego działalności. Ciekawość budzi jego niezwykła sprawność organizacyjna oraz niskie straty w szeregach jego ludzi. Swoją tajemnicę zabrał do grobu.